L’ESIS organise 2 cycles de formations selon le système LMD : le Graduat et le Master. Le graduat forme des ingénieurs techniciens de niveau BAC+3 dont le cycle de formation comprend l’année préparatoire et trois années de graduat. Le cycle de master des ingénieurs de niveau BAC+5 pour deux années de formation : master 1 et master 2. Le cycle de graduat se structure sur 5 filières regroupées en 3 grandes familles :
Au niveau du Master, les spécialisations sont :
| 1. La filière Génie logiciel Systèmes informatiques |
| 2. La filière Génie logiciel Gestion informatique |
| 3. La filière Réseaux et Administration système |
| 4. La filière Réseaux et Télécommunications |
| 5. La filière Design et Multimédia |